A sede do Museo é o edificio do antigo Pazo Episcopal, situado en pleno centro histórico da cidade e declarado monumento histórico artístico en 1931. Trátase dun conxunto edificado, cunha parte central románica e engadidos posteriores.

Na actualidade o conxunto está en remodelación. Os servizos do museo trasladáronse ao edificio Santa María de Europa, na Carballeira, no que se almacenan a maioría das coleccións, agás unha selección da escultura máis representativa, que se mostra permanentemente baixo o titulo “Escolma de Escultura” na sala de exposicións San Francisco, que serve tamén de base para outras actividades puntuais.

O museo conserva unha importante cantidade de fondos dunha gran variedade tipolóxica. As coleccións conteñen unha ampla sección histórico-arqueolóxica, con series representativas do mundo  paleolítico e megalítico; pezas do  mundo castrexo e galaicorromano e as de época romana, destacando a epigrafía. O museo custodia tamén unha serie arqueolóxica prerrománica e medieval, principalmente construtiva, ademais dunha sección de belas artes, que reúne escultura do renacemento e barroco, pintura do século XVII e XVIII, pintura de finais do século XIX, basicamente a obra do pintor ourensán Ramón Parada Justel, e artes decorativas.

O Museo Arqueolóxico Provincial de Ourense é de titularidade estatal e xestionado pola Xunta de Galicia.