O mosteiro de San Paio de Antealtares foi o primeiro que tivo a cidade de Santiago, posto que xurdiu no século IX por desexo de Alfonso II de Asturias, quen fixo vir doce monxes beneditinos para custodiar as reliquias do Apóstolo.

O seu labor centrouse no coidado do Altar do Apóstolo, o servizo litúrxico e a atención dos primeiros peregrinos. Entre os seus abades figuran dous santos: Pedro de Mezonzo e Fagildo. Cara a mediados do século XII, a advocación inicial a San Pedro foi relevado por Paio, o neno mártir galego.
A finais do século XV a vida monástica de Antealtares foi decaendo. O Mosteiro serviría de primeira sede do Estudio Vello de Santiago, fundado por Lope Gómez de Marzoa, xermolo da actual Universidade de Compostela.

Coa reforma dos Reis Católicos San Paio desapareceu como mosteiro de monxes, pasando estes a pertencer a San Martín Pinario, tamén en Santiago de Compostela. Pouco despois, en 1499, Frai Rodrigo de Valencia, prior de San Benito de Valladolid e Reformador Xeral, por mandato dos Reis Católicos unificou a todas as beneditinas galegas (14 priorados), e trouxo de Castela como abadesa a Dona Beatriz de Acuña e a un grupo de monxas observantes. Deste xeito converteuse este mosteiro no centro da reforma dos Mosteiros femininos da Orde en Galicia.

Na actualidade accédese ao museo de Arte Sacra a través da igrexa do mosteiro. A exposición permanente conta con seccións de:
- ourivería, na que se amosan pezas desde o século XV ata o XX.
- escultura, cunha mostra de escultura en pedra e en madeira. Dentro da imaxinería destaca un Cristo crucificado do Románico con características que revelan a transición ao Gótico e que se data no século XIII, e unha interesante exposición das diversas representacións da Virxe María, polo especial interese das monxas beneditinas na difusión do culto mariano.
- diplomática, que expón documentos referentes á vida monástica e á historia do mosteiro. Esta sección complétase coa existente no arquivo, que custodia documentación dende o século X.
- pintura, variedade de óleos de temática relixiosa relativos na súa maioría á orde beneditina.
- ornamentos litúrxicos, unha interesante mostra de casulas, capas pluviais, estolas e dalmáticas, principalmente dos séculos XVII e XVIII.

Unha das pezas máis importantes deste museo é o primitivo altar do Apóstolo Santiago composto por unha ara de mármore e un pé semicilíndrico, coñecido coma a Ara de Antealtares. Esta peza excepcional, de humilde aspecto que, segundo a tradición, foi o altar erixido polos discípulos de Santiago, a mediados do século I, no seu edículo ou cámara funeraria. Esta ara permaneceu como altar principal das tres basílicas que, co transcorrer do tempo, foron erixidas en honor do Apóstolo, ata que no ano 1105, por orde do bispo Xelmírez, cambiouse por outro mais grande. Foi Xelmírez quen llo regalou á comunidade beneditina de Antealtares, a primeira que atendeu o servicio da tumba de Santiago.