El centro está situado en el edificio conocido como antigua Escuela de Niñas, en el centro de la villa de Cee, erigido por la Fundación Fernando Blanco de Lema en el solar de la vieja casa de su mecenas.

La colección está formada en su mayor parte por el instrumental científico y el material didáctico de las antiguas cátedras, laboratorio y gabinetes del viejo Instituto-Escuela de Cee, de finales del siglo XIX, entre los que se encuentran medidores de diversas magnitudes, aparatos de mecánica, acústica, óptica, etc. Cabe destacar también las colecciones de animales, minerales y fósiles.

Junto a este material, la colección se completa con el material didáctico de otras materias incorporadas al centro a lo largo de su historia, con la documentación histórico-educativa del centro y con fondos artísticos y pictóricos de la fundación, destacando las obras pictóricas de Federico Madrazo, grabados de la Calcografía Nacional y una colección de orfebrería religiosa.