O Muncyt ten varias sedes. O 4 de maio de 2012 os Príncipes de Asturias inauguraron a sede coruñesa no edificio Prisma de Cristal. O edificio foi proxectado por  Victoria Acivro e Anxo Alonso. O que externamente é un cubo de vidro sorprende ao penetrar no seu interior, revelando a existencia de dous edificios nun. Unha enorme árbore de formigón alberga os servizos do museo (oficinas, biblioteca, salón de actos, aula de restauración, talleres), mentres que o espazo entre o exterior desta árbore e o cubo de vidro define unhas salas de exposicións que contan con diversas alturas e configuracións, coa particularidade de que cada sala pode contemplarse dende distintas perspectivas.

O museo conta con diferentes espazos expositivos, que fan posible exhibir pezas de gran volume, como a parte dianteira e o tren de aterraxe do Boeing 747 que trouxo o Guernica a España, doado por Iberia, ou a montaxe do primeiro acelerador de partículas deseñado e construído na Xunta de Enerxía Nuclear cara a 1957.

Os obxectivos do museo son contribuír a popularizar a ciencia e mellorar a educación científica de todos os cidadáns, así como conservar e poñer en valor o patrimonio histórico da ciencia e da tecnoloxía.Para iso realízanse exposicións, conferencias, actividades lúdico-científicas, obradoiros didácticos...

O Muncyt conserva máis de 15.000 obxectos entre instrumentos científicos, aparatos tecnolóxicos, vehículos de transporte, máquinas ferramenta e ferramentas industriais, datadas entre o século XVI e a actualidade. A maioría das pezas proceden de colexios e centros de ensino secundario, universidades e institucións científicas, coleccións particulares e doazóns.

Os departamentos que compoñen a colección do Muncyt son os seguintes: agricultura e pesca; aplicacións cotiás; bioloxía e xeoloxía; comunicacións; física; industria; informática e as súas aplicacións;  matemáticas, astronomía e navegación; medicina e farmacia; química; e transportes.